Лаборатория функциональной геномики | Институт молекулярной генетики РАН

Дергунова Людмила Васильевна

Старший научный сотрудник
Ученая степень:
кандидат биологических наук
Ученое звание:
без ученого звания
Адрес электронной почты:
Телефон:
   
   

Список сотрудников

Дергунова Л.В., заведующий Лабораторией, к.б.н.
Филиппенков И.Б., научный сотрудник, к.б.н.
Рожкова А.В., младший научный сотрудник, к.б.н.
Зуйкова Е.Б., инженер-исследователь
Акимов В.Э., инженер-исследователь
 

   
   

Основные направления исследований

Анализ структурно-функциональной организации генов человека.
Анализ транскриптома клеток различных тканей в норме, при ишемии и фармакологических воздействиях.

   
   

Основные достижения

На протяжении нескольких лет проводятся исследования структурно-функциональной организации гена сфингомиелинсинтазы 1 (SGMS1) человека и особенностей его экспрессии. Разработан подход к идентификации и структурному анализу некодирующих РНК, транскрибируемых с локуса генома человека, содержащего ген SGMS1. Обнаружены циклические РНК гена SGMS1 и детально изучена их структура и экспрессия в разных тканях человека и грызунов. Предложены механизмы образования циклических РНК гена SGMS1 человека, показано, что они обладают преимущественной мозгоспецифической экспрессией и высоким потенциалом к связыванию микроРНК, что может определять их функциональное значение.
 
Проводится анализ транскриптома клеток головного мозга при ишемии и действии пептидных препаратов. Синтетический пептид семакс, состоящий из фрагмента АКТГ(4-7) (Met-Glu-His-Phe) и С-концевого трипептида PGP (Pro-Gly-Pro), успешно используют при лечении больных с тяжелыми нарушениями мозгового кровообращения. Церебральная ишемия – наиболее распространенная причина нарушений функций мозга. Анализ транскриптома является одним из подходов к изучению функционирования мозга в нормальном состоянии, при ишемии и при действии семакса. Работа направлена на изучение механизма действия семакса и поиск метаболических мишеней воздействия данного пептидного препарата при ишемии. В анализе использована экспериментальная модель ишемического инсульта у крыс, которая заключается в обратимой окклюзии правой средней мозговой артерии с использованием филамента. Данная модель является наиболее близкой ишемическому инсульту у человека при лечении с использованием тромболитических препаратов. В условиях модели с помощью «RNA-Seq» проведен полнотранскриптомный анализ изменений содержания мРНК в подкорковых структурах мозга крыс, содержащих очаг повреждения, под воздействием семакса относительно ишемии. Результаты показывает, что гены, повысившие экспрессию при ишемии под воздействием семакса, преимущественно относятся к сигнальным путям, связанным с нейротрансмиссией – кальциевый сигнальный путь, глутаматергические синапсы, холинергические синапсы, дофаминергические синапсы и другие. При этом гены, понизившие экспрессию, преимущественно связаны с воспалительным ответом клеток мозга – MAPK, PI3K и другие сигнальны пути, связанные с воспалением. Результаты анализа указывают на комплексный ответ генома клеток мозга на воздействие семакса и свидетельствуют о нейропротективных свойствах данного пептидного препарата при ишемии.
 
В настоящее время в Лаборатории активно развивается направление по изучению роли некодирующих РНК при ишемии, стресс-вызванных нарушениях памяти и поведения, при действии пептидных препаратов, а также начаты исследования по изучению особенностей функционирования генов, вовлеченных в атерогенез и метаболизм липопротеинов высокой плотности, в клетках крови человека.

    
    

Основные публикации

  1. Filippenkov IB, Sudarkina OY, Limborska SA, Dergunova LV // Multi-step splicing of sphingomyelin synthase linear and circular RNAs // Gene. 2018, 654:14-22.
  2. Filippenkov IB, Kolomin TA, Limborska SA, Dergunova LV // Developmental stage-specific expression of genes for sphingomyelin synthase in rat brain // Cell Tissue Res., 2018, 372(1):33-40.
  3. Filippenkov I.B., Kalinichenko E.O., Limborska S.A., Dergunova L.V. Circular RNAs-one of the enigmas of the brain. Neurogenetics. 2017. V. 18. № 1. P. 1-6.
  4. Medvedeva EV., Dmitrieva VG. Limborska SA. Myasoedov NF, Dergunova LV. Semax, an analog of ACTH(4-7), regulates expression of immune response genes during ischemic brain injury rats. Molecular Genetics and Genomics. 2017. 292(3): 635-653.
  5. Филиппенков И.Б., Дергунова Л.В., Рожкова А.В., Сударкина О.Ю., Лимборская С.А. Особенности структуры и экспрессии гена сфингомиелинсинтазы 1 (SGMS1) человека. Цитология. 2016. Т. 58. № 4. С. 267-271.
  6. В.В., Куриченкова Е.О., Дмитриева В.Г., Мясоедов Н.Ф., Лимборская С.А., Дергунова Л.В. Экспрессия гена CPLX2 в условиях ишемии мозга крыс при введении пептидов семакс и PGP с использованием двух экспериментальных моделей. Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. 2016. Т. 34. № 4. С. 137-142.Вьюнова Т.В., Медведева Е.В., Андреева Л.А., Дергунова Л.В., Лимборская С.А., Мясоедов Н.Ф. Возможная роль транстиретина в биологическом механизме пептидной нейропротекции. Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. 2016. Т. 34. № 3. С. 104-109.
  7. Дмитриева В.Г., Ставчанский В.В., Поварова О.В., Скворцова В.И., Лимборская С.А., Дергунова Л.В. Влияние ишемии на экспрессию генов нейротрофинов и их рецепторов в структурах мозга крыс вне очага повреждения, включая противоположное полушарие. Молекулярная биология. 2016. Т. 50. № 5. С. 775-784.
  8. Medvedeva E.V., Dmitrieva V.G., Stavchansky V.V., Limborska S.A., Myasoedov N.F., Dergunova L.V., Povarova O.V. Semax-induced changes in growth factor mrna levels in the rat brain on the third day after ischemia. International Journal of Peptide Research and Therapeutics. 2016. V. 22. № 2. P. 197-209.
  9. Filippenkov I.B., Sudarkina O.Y., Limborska S.A., Dergunova L.V. Circular RNA of the human sphingomyelin synthase 1 gene: multiple splice variants, evolutionary conservatism and expression in different tissues. RNA Biology. 2015. V. 12. № 9. P. 1030-1042.
  10. Сударкина О.Ю., Дергунова Л.В. Получение белкового экстракта тканей человека, обогащенного сфингомиелинсинтазой 1. Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. 2015. Т. 33. № 2. С. 38-41.
  11. Рожкова А.В., Филиппенков И.Б., Сударкина О.Ю., Лимборская С.А., Дергунова Л.В. Альтернативные промоторы, локализованные в интронах гена SGMS1, участвуют в регуляции его экспрессии в тканях человека. Молекулярная биология. 2015. Т. 49. № 2. С. 325.
  12. Sudarkina O.Y., Filippenkov I.B., Limborska S.A., Dergunova L.V., Brodsky I.B. Comparative analysis of sphingomyelin synthase 1 gene expression at the transcriptional and translational levels in human tissues. Molecular and Cellular Biochemistry. 2015. V. 406. № 1-2. P. 91-99.
  13. Medvedeva E.V., Dmitrieva V.G., Limborska S.A., Myasoedov N.F., Dergunova L.V., Povarova O.V., Skvortsova V.I. The peptide Semax affects the expression of genes related to the immune and vascular systems in rat brain focal ischemia: genome-wide transcriptional analysis. BMC Genomics. 2014. V. 15. № 1. P. 228.
  14. Рожкова А.В., Зиновьева М.В., Сасс А.В., Зборовская И.Б., Лимборская С.А., Дергунова Л.В. Различающийся характер экспрессии гена сфингомиелинсинтазы 1 (SGMS1) человека в опухолях легкого и пищевода. Молекулярная биология. 2014. Т. 48. № 3. С. 395.
  15. Медведева Е.В., Дмитриева В.Г., Поварова О.В., Лимборская С.А., Скворцова В.И., Мясоедов Н.Ф., Дергунова Л.В. Трипептид PRO-GLY-PRO влияет на транскриптом коры головного мозга крыс в условиях фокальной ишемии. Молекулярная биология. 2014. Т. 48. № 2. С. 277.
  16. Ставчанский В.В., Творогова Т.В., Боцина А.Ю., Лимборская С.А., Скворцова В.И., Мясоедов Н.Ф., Дергунова Л.В. Влияние пептидов семакс и pgp на экспрессию гена VEGFA у крыс в условиях неполной глобальной ишемии головного мозга. Молекулярная биология. 2013. Т. 47. № 3. С. 461.
  17. Dergunova L.V., Rozhkova A.V., Sudarkina O.Y., Limborska S.A. The use of alternative polyadenylation in the tissue-specific regulation of human SMS1 gene expression. Molecular Biology Reports. 2013. V. 40. № 12. P. 6685-6690.