ИНСТИТУТ МОЛЕКУЛЯРНОЙ ГЕНЕТИКИ РАН
Главная | Об Институте | Дирекция | База знаний | Научно-образовательный центр

Лаборатория регуляции экспрессии генов мобильных элементов прокариот (рук. К.В. Северинов)

ЛАБОРАТОРИЯ РЕГУЛЯЦИИ ЭКСПРЕССИИ ГЕНОВ МОБИЛЬНЫХ ЭЛЕМЕНТОВ ПРОКАРИОТ

Зав. лабораторией: Константин Викторович Северинов, доктор биол. наук

Лаборатория (первоначально группа) создана в 2005 г.

Основные направления исследований:

- молекулярные механизмы действия, структура, функция и эволюция пост-трансляционно модифицированных микроцинов;
- системный анализ экспрессии генов бактериофагов в ходе инфекции;
- молекулярные механизмы бактериальной транскрипции и способы ее регуляции;
- регуляция экспрессии генов систем рестрикции-модификации бактерий

Состав лаборатории:


Северинов Константин Викторович, д.б.н., рук. группы
Акуленко Наталья Викторовна, н.с., к.б.н.
Шкундина Ирина Семеновна, н.с., к.б.н.
Пугач Ксения Сергеевна, ст. лаб.

Основные результаты:

- Установлен молекулярный механизм действия микроцина С. На основе микроцина С разработано семейство синтетических антибактериальных соединений, ингибирующих различные аминоацил-тРНК синтетазы бактерий. Биоинформатическими методами предсказаны опероны биосинтеза гомологов микроцина С в различных бактериях.

- Определены полные геномные последовательности нескольких фагов E. coli и Thermus aquaticus. Проанализированы стратегии экспрессии генов этих фагов и идентифицирован ряд новых факторов транскрипции и cis-регуляторных элементов.

Гранты:

РФФИ: 3 гранта (2007 г. - наст. время)
Грант Президиума РАН «Молекулярная и клеточная биология» (2007 - 2012 гг.).

Библиография

. Zenkin N., Naryshkina T., Kuznedelov K., Severinov K. The molecular mechanism of replication primer synthesis by RNA polymerase. Nature, 2006, 439, 617-620.
2. Metlitskaya A., Kazakov T., Kommer A., Pavlova O., Krashenninikov I., Kolb V., Khmel' I., Severinov K. Aspartyl-tRNA synthetase is the target of peptidenucleotide antibiotic Microcin C. J. Biol. Chem., 2006, 281, 18033-18042.

3. Zenkin N., Yuzenkova Y., Severinov K. Transcriptional proofreading through a ribozyme-like activity of the nascent transcript. Science, 2006, 313, 518-520.
4. Naryshkina T., Kuznedelov K., Severinov K. Structure-based analysis of RNA polymerase function: the role of the largest subunit's lid element in the formation of extended RNA-DNA hybrid. J. Mol. Biol., 2006, 361, 634-643.
5. Naryshkina T., Liu J., Florens L., Swanson S. K., Inman R., Pavlov A.R., Pavlova, N. V., Kozyavkin, S. A., Washburn, M., Mushegian, A., Severinov, K. Genome structure and virion composition of a large Thermus thermophilus bacteriophage fYS40. J. Mol. Biol., 2006, 364, 667-677.
6. Sevostyanova A., Djordjevic M., Kuznedelov K., Gelfand M., Severinov K., Minakhin L. Transcription strategy of Thermus thermophilus bacteriophage fYS40. J. Mol. Biol., 2007, 366, 420-435.
7. Kazakov T., Metlitskaya A., Severinov K. Structure-activity analysis of translation inhibitor microcin C. J. Bacteriol., 2007, 189, 2114-2118.
8. Zenkin N., Kulbachinskiy A., Yuzenkova Y., Mustaev A., Bass I., Severinov K., Brodolin К. Region 1.2 of the RNA polymerase s subunit modulates recognition of the -10 promoter element. EMBO J., 2007, 26, 955-964.
9. Yuzenkova Y., Zenkin N., Severinov K. Mapping of RNA polymerase residues that interact with bacteriophage Xp10 transcription antitermination factor p7. J. Mol. Biol., 2008, 375, 29-35.
10. Bogdanova E., Djordjevic M., Papapanagiotou I., Heyduk T., Kneale G., Severinov K. Transcription regulation of type II restriction-modification system AhdI. Nucleic Acids Res., 2008, 36, 1429-1442.
11. Savalia D., Westblade L., Goel M., Florens L., Kemp P., Akulenko N., Pavlova O., Washburn M.P., Ackermann H.-W., Mushegian A., Gabisonia T., Molineux I., Severinov K. Genomic and proteomic analysis of phi32, a novel E. coli phage. J. Mol. Biol., 2008, 377, 774-789.
12. Kazakov T., Vondenhoff G.H., Novikova M., Datsenko K., Wanner B., Severinov K. E. coli peptidases A, B, or N can process translation inhibitor Microcin C. J. Bacteriol., 2008, 190, 2607-2610.

Сотрудничество:
Группа ведет совместные работы с ведущими лабораториями США и Европы.