Лаборатория молекулярной генетики человека | Институт молекулярной генетики

Лимборская Светлана Андреевна

Лимборская Светлана Андреевна
Заведующий отделом
Ученая степень:
доктор биологических наук
Ученое звание:
Профессор
Адрес электронной почты:
limbor@img.ras.ru
Телефон:
+7-499-196-00-03
   
   

Список сотрудников

Лимборская С.А., заведующий Отделом и Лабораторией, д.б.н., профессор;
Хрунин А.В., с.н.с., к.б.н.;
Дмитриева В.Г., н.с., к.б.н;
Ставчанский В.В., н.с., к.б.н.;
Сударкина О.Ю., н.с., к.б.н.;
Хворых Г.В., ведущий специалист
Леденева Н.Н., ведущий инженер
Носова Е.В., аспирант

   
   

Основные направления исследований

  • Этническая геномика народов России и сопредельных стран.
  • Анализ структурно-функциональной организации генома человека.
  • Исследование молекулярно-генетических основ риска развития заболеваний, включая различия в реакциях больных на лекарственные воздействия.
   
   

Основные достижения

Проведена молекулярно-генетическая характеристика популяций и этнических групп из различных регионов России с помощью разнообразных маркеров ДНК. Выявлена новая генетическая ветвь в генофонде Европы, характерная для крайнего северо-востока и представлена популяциями народами коми.  Выявлено значительное отличие популяций русского населения европейского Севера от русских центра европейской части России.

С использованием технологии секвенирования нового поколения осуществлена реконструкция генетической истории взаимоотношений населения Восточной Европы и Сибири. Обнаружена новая эволюционная линия, внесшая существенный вклад в генофонд уральского региона и основанная на древних предковых популяциях современных северо-уральских народов.

Исследованы взаимосвязи между полиморфизмом генов, имеющих отношение к важным участкам метаболизма цисплатина, и эффективностью и токсичностью химиотерапии на его основе у больных раком яичников из различных этнических групп (русские и якуты). Продемонстрирована этноспецифичность всех выявленных ассоциаций.

На основе анализа популяционных паттернов гаплотипической вариации показано, что возникновение делеционных мутаций, целиком удаляющих последовательность гена, в значительной степени зависит от генетического контекста в ближайшем отдаленном окружении данного гена.

    
    

Основные публикации

  1. Filippenkov IB, Sudarkina OY, Limborska SA, Dergunova LV // Multi-step splicing of sphingomyelin synthase linear and circular RNAs // Gene. 2018, 654:14-22.
  2. Filippenkov IB, Kolomin TA, Limborska SA, Dergunova LV // Developmental stage-specific expression of genes for sphingomyelin synthase in rat brain // Cell Tissue Res., 2018, 372(1):33-40.
  3. Filippenkov IB, Kalinichenko EO, Limborska SA, Dergunova LV. Circular RNAs - one of the enigmas of the brain, Neurogenetics 2017.18(1): 1-6.
  4. Medvedeva EV., Dmitrieva VG. Limborska SA. Myasoedov NF, Dergunova LV Semax, an analog of ACTH(4-7), regulates expression of immune response genes during ischemic brain injury rats. Molecular Genetics and Genomics. 2017. 292(3): 635-653.
  5. Filatova E, Kasian A, Kolomin T, Rybalkina E, Alieva A, Andreeva L, Limborska S, Myasoedov N,. Pavlova G, Slominsky P, Shadrina M. GABA, Selank, and Olanzapine Affect the Expression of Genes Involved in GABAergic Neurotransmission in IMR-32 Cells. Front Pharmacol. 2017; 8:89.
  6. Wong EHM, Khrunin A, Nichols L, Pushkarev D, Khokhrin D, Verbenko D, Evgrafov O, Knowles J, Novembre J, Limborska S, Valouev A. Reconstructing genetic history of Siberian and Northeastern European populations. Genome Res. 2017;27(1):1-14.
  7. McLaughlin RL, Schijven D, van Rheenen W, van Eijk KR, O'Brien M, Kahn RS, Ophoff RA, Goris A, Bradley DG, Al-Chalabi A, … Khrunin AV, … Limborska SA, … Slominsky PA, … van den Berg LH, Luykx JJ, Hardiman O, Veldink JH. Genetic correlation between amyotrophic lateral sclerosis and schizophrenia. Nat Commun. 2017;8:14774.
  8. Khrunin AV, Filippova IN, Aliev AM, Tupitsina TV, Slominsky PA, Limborska SA. GSTM1 copy number variation in the context of single nucleotide polymorphisms in the human GSTM cluster. Mol Cytogenet. 2016;9:30.
  9. Shadrina MI, Shulskaya MV, Klyushnikov SA, Nikopensius T, Nelis M, Kivistik PA, Komar AA, Limborska SA, Illarioshkin SN, Slominsky PA. ITPR1 gene p.Val1553Met mutation in Russian family with mild Spinocerebellar ataxia. Cerebellum Ataxias. 2016 Jan 13;3:2. doi: 10.1186/s40673-016-0040-8. eCollection 2016.
  10. Divya Mehta; Felix C Tropf; Jacob Gratten; Andrew Bakshi; Zhihong Zhu; Silviu-Alin Bacanu; Gibran Hemani; S Hong Lee;…; Khrunin, A; … ; Limborska, S; …Slominsky, P…; LifeLines Cohort Study; TwinsUK. Evidence for genetic overlap between schizophrenia and age at first birth in women. Jama Pchychiatry, 2016.
  11. Ekaterina V. Medvedeva, Veronika G. Dmitrieva, Vasily V. Stavchansky, Oksana V. Povarova, Svetlana A. Limborska, Nikolay F. Myasoedov, Lyudmila V. Dergunova. Semax-induced changes in growth factor mRNA levels in the rat brain on the third day after ischemia. Int J Pept Res Ther. 2015, V21 (4), 383-502, DOI 10.1007/s10989-015-9498-0
  12. Alieva AKh, Filatova EV, Karabanov AV, Illarioshkin SN, Slominsky PA, Shadrina MI. Potential Biomarkers of the Earliest Clinical Stages of Parkinson's Disease. Parkinsons Dis. 2015;2015:294396. doi: 10.1155/2015/294396. Epub 2015 Sep 21.
  13. Vilhjálmsson BJ,…; Khrunin, A; … ; Limborska, S; …Slominsky, P…:, Price AL; Modeling Linkage Disequilibrium Increases Accuracy of Polygenic Risk Scores. Am J Hum Genet. 2015 Oct 1;97(4):576-92. doi: 10.1016/j.ajhg.2015.09.001.
  14. Filippenkov IB, Sudarkina OY, Limborska SA, Dergunova LV. Circular RNA of the human sphingomyelin synthase 1 gene: Multiple splice variants, evolutionary conservatism and expression in different tissues. RNA Biol. 2015 Sep 2;12(9):1030-42. doi: 10.1080/15476286.2015.1076611.
  15. Sudarkina OY, Filippenkov IB, Brodsky IB, Limborska SA, Dergunova LV. Comparative analysis of sphingomyelin synthase 1 gene expression at the transcriptional and translational levels in human tissues. Mol Cell Biochem. 2015 Aug;406(1-2):91-9. doi: 10.1007/s11010-015-2427-x.
  16. Bulik-Sullivan BK, …; Khrunin, A; … ; Limborska, S; …Slominsky, P…:, Yang J. LD Score regression distinguishes confounding from polygenicity in genome-wide association studies. Nat Genet. 2015;47(3):291-5. doi: 10.1038/ng.3211.
  17. Alieva AKh, Filatova EV, Karabanov AV, Illarioshkin SN, Limborska SA, Shadrina M.I., Slominsky PA. miRNA expression is highly sensitive to a drug therapy in Parkinson's disease. Parkinsonism & Related Disorders 2014, DOI: 10.1016/j.parkreldis.2014.10.018
  18. Gusev A, …; Khrunin, A; … ; Limborska, S; …Slominsky, P…:, Stahl E; Partitioning heritability of regulatory and cell-type-specific variants across 11 common diseases. Am J Hum Genet. 2014;95(5):535-52. doi: 10.1016/j.ajhg.2014.10.004.
  19. Ripke, S; …; Khrunin, A; … ; Limborska, S; …Slominsky, P…: O'Donovan, MC. Biological insights from 108 schizophrenia-associated genetic loci. Nature, 2014. Volume: 511, Issue: 7510, Pages: 421-427.
  20. Medvedeva EV, Dmitrieva VG, Povarova OV, Limborska SA, Skvortsova VI, Myasoedov NF, Dergunova LV. The peptide semax affects the expression of genes related to the immune and vascular systems in rat brain focal ischemia: genome-wide transcriptional analysis. BMC Genomics. 2014 Mar 24;15(1):228. doi: 10.1186/1471-2164-15-228.
  21. Anelya Kh. Alieva, Maria I. Shadrina, Elena V. Filatova, Aleksey V. Karabanov, Sergey N. Illarioshkin, Svetlana A. Limborska, and Petr A. Slominsky. «Involvement of Endocytosis and Alternative Splicing in the Formation of the Pathological Process in the Early Stages of Parkinson’s Disease» BioMed Research International, vol. 2014, Article ID 718732, 6 pages, 2014. doi:10.1155/2014/718732
  22. Khrunin AV, Khokhrin DV, Moisseev AA, Gorbunova VA, Limborska SA. Pharmacogenomic assessment of cisplatin-based chemotherapy outcomes in ovarian cancer. Pharmacogenomics. 2014 Feb;15(3):329-37. doi: 10.2217/pgs.13.237.
  23. Medvedeva EV, Dmitrieva VG, Povarova OV, Limborska SA, Skvortsova VI, Myasoedov NF, Dergunova LV. Effect of semax and its C-terminal fragment Pro-Gly-Pro on the expression of VEGF family genes and their receptors in experimental focal ischemia of the rat brain. J Mol Neurosci. 2013 Feb;49(2):328-33. doi: 10.1007/s12031-012-9853-y.
  24. Maria I. Shadrina, Elena V. Filatova, Anelya Kh. Alieva, Alla V. Stavrovskaya, Rudolph M. Khudoerkov, Svetlana A. Limborska, Sergei N. Illarioshkin, Petr A. Slominsky, «Transcriptome profiling of 6-OHDA model of Parkinson’s disease». Advances in Bioscience and Biotechnology, 2013, 4, pp. 28-35. doi: 10.4236/abb.2013.46A005
  25. Dergunova LV, Rozhkova AV, Sudarkina OY, Limborska SA. The use of alternative polyadenylation in the tissue-specific regulation of human SMS1 gene expression. Mol Biol Rep. 2013 ;40(12):6685-90. doi: 10.1007/s11033-013-2783-0.
  26. T. Kolomin, M. Shadrina, M. Morozova, A. Volkova, L. Andreeva, P. Slominsky, S. Limborska, N. Myasoedov, The temporary dynamics of inflammation-related genes expression under tuftsin analog Selank action, Molecular Immunology 2014 Mar;58(1):50-5. doi: 10.1016/j.molimm.2013.11.002.
  27. Khrunin AV, Khokhrin DV, Filippova IN, Esko T, Nelis M, Bebyakova NA, Bolotova NL, Klovins J, Nikitina-Zake L, Rehnström K, Ripatti S, Schreiber S, Franke A, Macek M, Krulišová V, Lubinski J, Metspalu A, Limborska SA. A genome-wide analysis of populations from European Russia reveals a new pole of genetic diversity in northern Europe. PLoS One. 2013;8(3):e58552. doi: 10.1371/journal.pone.0058552.
  28. Esko T, Mezzavilla M, Nelis M, Borel C, Debniak T, Jakkula E, Julia A, Karachanak S, Khrunin A, Kisfali P, Krulisova V, Aušrelé Kučinskiené Z, Rehnström K, Traglia M, Nikitina-Zake L, Zimprich F, Antonarakis SE, Estivill X, Glavač D, Gut I, Klovins J, Krawczak M, Kučinskas V, Lathrop M, Macek M, Marsal S, Meitinger T, Melegh B, Limborska S, Lubinski J, Paolotie A, Schreiber S, Toncheva D,Toniolo D, Wichmann HE, Zimprich A, Metspalu M, Gasparini P, Metspalu A, D'Adamo P. Genetic characterization of northeastern Italian population isolates in the context of broader European genetic diversity. Eur J Hum Genet. 2013 Jun;21(6):659-65. doi: 10.1038/ejhg.2012.229
  29. T. Kolomin, M. Shadrina, P. Slominsky, S. Limborska and N. Myasoedov, "A New Generation of Drugs: Synthetic Peptides Based on Natural Regulatory Peptides," Neuroscience & Medicine, Vol. 4 No. 4, 2013, pp. 223-252. doi:10.4236/nm.2013.44035.
  30. Filippova IN, Khrunin AV, Limbor SA. Analysis of DNA variations in GSTA and GSTM gene clusters based on the results of genome-wide data from three Russian populations taken as an example. BMC Genet. 2012,13(1):89.
  31. Semenova EV, Shadrina MI, Slominsky PA, Ivanova-Smolenskaya IA, Bagyeva G, Illarioshkin SN, Limborska SA. Analysis of PARK2 gene exon rearrangements in Russian patients with sporadic Parkinson's disease Mov Disord. 2012 Jan;27(1):139-42
  32. Khrunin A., Ivanova F., Moisseev A., Khokhrin D., Sleptsova Yu., Gorbunova V., Limborska S. Pharmacogenomics of cisplatin-based chemotherapy in ovarian cancer patients of different ethnic origins Pharmacogenomics, 13 (1), 2012
  33. Pivovarova O, Fisher E, Dudziak K, Ilkavets I, Dooley S, Slominsky P, Limborska S, Weickert MO, Spranger J, Fritsche A, Boeing H, Pfeiffer AF, Rudovich N. A polymorphism within the connective tissue growth factor (CTGF) gene has no effect on non-invasive markers of beta-cell area and risk of type 2 diabetes. Dis Markers. 2011;31(4):241-6. doi: 10.3233/DMA-2011-0823.
  34. Rozhkova AV, Dmitrieva VG, Zhapparova ON, Sudarkina OY, Nadezhdina ES, Limborska SA, Dergunova LV, Human sphingomyelin synthase 1 gene (SMS1): Organization, multiple mRNA splice variants and expression in adult tissues Gene. 2011; v. 481(2), P.65-75.
  35. T. Kolomin, M. Shadrina, L. Andreeva, P. Slominsky, S. Limborska, N. Myasoedov, Expression of inflammation-related genes in mouse spleen under tuftsin analog Selank Regulatory Peptides. 2011, V.170, P. 18–23.
  36. Stavchansky VV, Yuzhakov VV, Botsina AY, Skvortsova VI, Bondurko LN, Tsyganova MG, Limborska SA, Myasoedov NF, Dergunova LV,/ The Effect of Semax and Its C-End Peptide PGP on the Morphology and Proliferative Activity of Rat Brain Cells During Experimental Ischemia: A Pilot Study J Mol Neurosci. 2011, V.45(2), P.175-185.
  37. Limborska S.A., Khrunin A.V., Flegontova O.V., Tasitz V.A., Verbenko D.A., Specificity of genetic diversity in D1S80 revealed by SNP–VNTR haplotyping Annals of Human Biology, 2011, V.38, N5, pp.564-569.
  38. Филиппенков И.Б., Дергунова Л.В., Рожкова А.В., Сударкина О.Ю., Лимборская С.А. Особенности структуры и экспрессии гена сфингомиелинсинтазы 1 (SGMS1) человека. Цитология. 2016. Т. 58. № 4. С. 267-271.
  39. Ставчанский В.В., Куриченкова Е.О., Дмитриева В.Г., Мясоедов Н.Ф., Лимборская С.А., Дергунова Л.В. Экспрессия гена CPLX2 в условиях ишемии мозга крыс при введении пептидов семакс и PGP с использованием двух экспериментальных моделей. Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. 2016. Т. 34. № 4. С. 137-142.
  40. Вьюнова Т.В., Медведева Е.В., Андреева Л.А., Дергунова Л.В., Лимборская С.А., Мясоедов Н.Ф. Возможная роль транстиретина в биологическом механизме пептидной нейропротекции. Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. 2016. Т. 34. № 3. С. 104-109.
  41. Дмитриева В.Г., Ставчанский В.В., Поварова О.В., Скворцова В.И., Лимборская С.А., Дергунова Л.В. Влияние ишемии на экспрессию генов нейротрофинов и их рецепторов в структурах мозга крыс вне очага повреждения, включая противоположное полушарие. Молекулярная биология. 2016. Т. 50. № 5. С. 775-784.
  42. А. В. Рожкова, И. Б. Филиппенков, О. Ю. Сударкина, С. А. Лимборская, Л. В. Дергунова Альтернативные промоторы, локализованные в интронах гена SGMS1, участвуют в регуляции его экспрессии в тканях человека Молекулярная биология. 2015 Т. 49. № 2. С. 325-333.
  43. Филиппова И.Н., Хрунин А.В., Лимборская С.А. Анализ делеций гена GSTM1 в контексте гаплотипического разнообразия геномного кластера GSTM в трех русских популяциях. Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. 2014. № 2. С. 8-11.
  44. А.В. Рожкова, М.В. Зиновьева, А.В. Сасс, И.Б. Зборовская, С.А. Лимборская, Л.В. Дергунова. Различающийся характер экспрессии гена сфингомиелинсинтазы 1 (SGMS1) человека в опухолях легкого и пищевода. Молекулярная биология. 2014, т.48, №3, стр.395-402.
  45. Спицына Н.Х., Макаров С.В., Бец Л.В., Лимборская С.А., Карапетян М.К., Бычковская Л.С., Пай Г.В., Алексеева Н.В., Спицын В.А. Новая информация о генофонде восточных хантов Вестн. Моск. ун-та. Сер. XXIII. Антропология, 2014. № 4. С. 101-106.
  46. Е. В. Медведева, В. Г. Дмитриева, О. В. Поварова, С. А. Лимборская, В. И. Скворцова, Н. Ф. Мясоедов, Л. В. Дергунова, Трипептид Pro-Gly-Pro влияет на транскриптом коры головного мозга крыс в условиях фокальной ишемии. Молекулярная биология. 2014. Т. 48. № 2. С. 277.
  47. Филатова Е.В., Алиева А.Х., Шадрина М.И., Шульская М.В., Федотова Е.Ю., Иллариошкин С.Н., Лимборская С.А., Сломинский П.А. Анализ мутаций у пациентов с предполагаемой аутосомно-доминантной формой болезни Паркинсона. Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. 2014. № 1. С. 3-4.
  48. Тупицына Т.В., Бондаренко Е.А., Кравченко С.А., Татарский П.Ф., Шетова И.М., Шамалов Н.А., Кузнецова С.М., Шульженко Д.В., Скворцова В.И., Сломинский П.А., Лившиц Л.А., Лимборская С.А. Сравнительный анализ ассоциаций полиморфных вариантов генов F2, F5, GP1BA и ACE с риском развития инсульта в русской и украинской популяциях. Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. 2013. № 1. С. 20-26.
  49. Хохрин Д.В., Хрунин А.В., Иванова Ф.Г., Моисеев А.А., Горбунова В.А., Лимборская С.А. Фармакогеномика химиотерапии на основе цисплатина у больных раком яичников женщин из Якутии. Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. 2013. № 4. С. 6-9.
  50. Ставчанский В.В., Творогова Т.В., Боцина А.Ю., Лимборская С.А., Скворцова В.И., Мясоедов Н.Ф., Дергунова Л.В. Влияние пептидов Семакс и PGP на экспрессию гена Vegfa в условиях неполной глобальной ишемии мозга. Молекулярная биология. 2013; Т.47, № 3 , стр. 461-466.
  51. Т.А. Коломин, Т.Ю. Агапова, Я.В. Агниуллин, С.И. Шрам, М.И. Шадрина, П.А. Сломинский, С.А. Лимборская, Н.Ф. Мясоедов, Изменение транскрипционного профиля гиппокампа в ответ на введение аналога тафтцина селанка. Журнал высшей нервной деятельности. 2013, т. 63, №3, с. 365-374.
Книги и монографии
  1. S. Limborska, A. Khrunin, D. Verbenko. Minisatellite DNA Markers in Population Studies. In: Population genetics (Ed. M.Carmen Fust). Intech, Rijeka: 2012, pp. 55-86. ISBN 979-953-307-446-6
  2. Elena Filatova, Maria Shadrina, Petr Slominsky and Svetlana Limborska, Analysis of Transcriptome Alterations in Parkinson’s Disease / In: Etiology and Pathophysiology of Parkinson's Disease (Ed. Abdul Qayyum Rana) Intech, 2011. pp. 293-316. ISBN 978-953-307-462-7.
  3. Limborska S.A., Verbenko D.A., Khrunin A.V., Slominsky P.A., Ethnic Genomics of the East European Human Populations / In: Molecular Polymorphism of Man: Structural and Functional Individual Multiformity of Biomacromolecules. (Ed.: S.D. Varfolomyev and G.E. Zaikov) Nova Publishers NY Nova Publishers NY 2011, рр. 175-202. ISBN: 978-1-60741-843-6
  4. E.V. Shabrova, S.A. Limborska, A.P. Ryskov. Multilocus DNA fingerprinting-genotyping based on micro and minisatellite polymorphisms. In: Focus on DNA fingerprinting research. (Ed. M.M. Read) Nova Publishers NY 2006, 1-60.
  5. V.I. Skvortsova, P.A.Slominsky, G.N. Levitsky, M.I. Shadrina, S.A.Limborska. Molecular Genetics and Biochemical Studies of Russia Patients with Sporadic Motor Neuron Disease. In: Amyotrophic lateral sclerosis: New research (Ed. C.A. Murray) Nova Biomedical New York, 2006. pp 323-347.
  6. Сломинский П.А., Шадрина М.И., Иллариошкин С.Н., Иванова-Смоленская И.А., Лимборская С.А. Генетические факторы в патогенезе семейной и спорадической формы болезни Паркинсона. В книге «Нейродегенеративные заболевания. Фундаментальные и прикладные аспекты» Отв.ред. Угрюмов М.В. –М., Наука, 2010. с. 137-153.
  7. Моисеев А.А., Хрунин А.В., Лимборская С.А., Горбунова В.А., «Фармакогенетика и противоопуолевая терапия» в коллективной монографии: «Достижения и перспективы лекарственного лечения злокачественных опухолей 2011 год Этюды химиотерапии III» (ред. проф. В.А. Горбунова). Москва. Фармарус Принт Медиа. 2011. С. 98-110.
  8. Лимборская С.А., Хуснутдинова Э.К., Балановская Е.В. Этногеномика и геногеография народов Восточной Европы. – М: Наука, 2002. – 261с.
  9. Л.А. Тарская, А.И. Гоголев, Г.И. Ельчинова, А.Г. Егорова, С.А.Лимборская. Этническая геномика якутов (народа Саха): генетические особенности и популяционная история (отв. ред. С.Д. Варфоломеев) – М.: Наука, 2009. – 271с.